Академия основана 21 марта 1979 года как «Иркутский государственный институт усовершенствования врачей Министерства здравоохранения СССР» на основании постановления Совета Министров СССР от 21.03.1979 № 305. В 2003 г. Академия переименована Государственное образовательное учреждение дополнительного профессионального образования «Иркутский государственный институт усовершенствования врачей Министерства здравоохранения Российской Федерации» в соответствии с Приказом Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации от 04.03.2003 № 76, в 2005 г. – в Государственное образовательное учреждение дополнительного профессионального образования «Иркутский государственный институт усовершенствования врачей Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию» в соответствии с приказом Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию от 04.03.2005 № 127. 20 июня 2011 года Приказом Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации № 581 институту присвоен статус академии. Распоряжением Правительства Российской Федерации от 19.07.2012 № 1286-р Академия отнесена к ведению Министерства здравоохранения Российской Федерации.